Het eiland is ongeveer 60 miljoen jaren geleden boven de oceaan verrezen. De oudste rotsformaties bestaan voornamelijk uit gesteente van vulkanische oorsprong. Daarnaast bestaat het eiland uit kalkstenen van fossiele koralen. Ondanks dat het eiland pas 1000 jaar bewoond is, hebben al verschillende volkeren het eiland bewoond. Over de oorspronkelijke bewoners van Bonaire is erg weinig bekend, wel blijkt uit onderzoek dat Bonaire honderden jaren door indianen (Arawakken) bewoond is geweest. Dit blijkt uit Archeologische vondsten die hier zijn gedaan. De Arawakken gebruikte dezelfde gebruiksvoorwerpen en woonde, werkte en leefde als de indianen op het Zuid Amerikaanse vaste land. Hierdoor gaat men ervan uit dat zij van het Zuid Amerikaanse continent afkomstig waren.
Er zijn zelfs nog rotstekeningen te vinden van deze Arawak indianen. Aan de oostkant van Bonaire bij Boco Anima kan je deze bezichtigen. De tekeningen zijn met een rood-bruine kleurstof geschilderd. De betekenis van de schilderingen is niet bekend.
